一、兩者的定義
控制變壓器是根據電器設備需要的電壓和電流高低,把它們控制在一個需要的使用范圍之內。
控制變壓器與普通變壓器的區別：普通變壓器主要是改變電壓，控制變壓器是傳遞信號的。
隔離變壓器是指輸入繞組與輸出繞組帶電氣隔離的變壓器，隔離變壓器用以避免偶然同時觸及帶電體，變壓器的隔離是隔離原副邊繞線圈各自的電流。
隔離變壓器一般（但并非全部）是指1：1的變壓器。由于次級線圈不和大地相連，次級任一根線與大地之間沒有電位差（即兩根線無零、火之分，任意一根對人體都不會形成閉合回路），使用安全。常用作維修電源。
二、兩者的區別
（一）、用途不同
控制變壓器是作為電氣控制回路的供電電源使用的，目的是為了滿足不同用電電氣元件的電壓需求。
隔離變壓器的作用：
1、將變壓器兩端不同電壓或要求的需要傳送的電壓信號，經過隔離變壓器隔離傳送，使該變壓器兩端不同的電壓不會相互干擾或影響，例如某些可控硅或IGBT電路的驅動線圈；
2、需要不同阻抗匹配的，如某些音響功率放大器；
3、為了人身安全，如行燈變壓器。
（二）、作用不同
控制變壓器是為電氣設備運行中為控制系統提供電源的，側重于供電。
隔離變壓器是為防止用電設備受電源的諧波干擾，實際它是個性能較差的濾波器。一般控制變壓器輸出電壓有6.3V、12V、24V、36V、50V、110V、220V等，為降低成本，有些控制變壓器只輸出單一低電壓，或三到五個電壓；而隔離變壓器一般地說變壓比是1:1，兩類變壓器功能不同，因而無法通用。
三、兩者的聯系
比如在一個進口行車電氣回路中，所有繼電器接觸器等電氣都是220伏的，電源輸入是3相4線的，本來可以直接利用零線組成控制回路的。但是這個行車有操控手柄，電氣設計人員就利用了一個隔離變壓器，次級作為電氣控制回路的電源，由于這個次級回路沒有接地端，即使人接觸了這220伏的控制電壓的其中一點也不會觸電，所以這個變壓器既是控制變壓器，也是隔離變壓器。
